故事发生在一所名叫第3新东京世立NERV学园中，校长是严肃又寡言的碇原度（立木文彦 配音）。作为校长的儿子，碇真嗣（绪方惠美 配音）感到压力很大。于此同时，来自外国的红发转学生明日香（宫村优子 配音），分裂成三个、以姐妹的形式出场的凌波丽（林原惠美 配音）都给碇真嗣的学校生活带来了翻天覆地的变化。此外，在原作中高大帅气的初号机，也将以娇小可爱的形象，作为学院的一份子出现在动画中。 动画以《新世界福音战士》中的角色为原型，一改原作沉重严肃的气氛，描述了轻松愉快的校园生活。制作方首次采用了3D的Q版造型，配以实景背景和2D拼接，造就了多元化的绘画风格。
演员：小林由美子 楢桥美纪 森川智之 兴梠里美 真柴摩利 林玉绪 一龙斋贞友 佐藤智惠 神谷浩史 伊藤静 富永美伊奈 黑泽朋世 森田顺平 七绪春日 富泽美智惠 三石琴乃 玉川纱己子 铃木玲子 大塚瑞惠 伊仓一惠 星野千寿子 山田秋子 大冢智子 茶风林 辻亲八 中田让治 平田广明 玄田哲章 三矢雄二 飞田展男 井上喜久子 小杉十郎太 诹访部顺一 能登麻美子 麻生智久 大西健晴 泷本富士子 山本格 松本健太 田岛章宽 桂一雅 后藤光祐 花藤莲 岩桥由佳 河村梨惠 井之上润 古贺明 安田陆矢 八幡谅 桥本结 小泉濑奈
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